Bis in die Zeit vor dem Dreißigjährigen Krieg reicht die Kirchenmusik in der Stadt.  Leonard H. Klimpke hat diesen Aspekt der Stadtgeschichte aufgearbeitet und in „Alt-Gunzenhausen“ veröffentlicht. Der Autor studiert Musik für das Lehramt und Kirchenmusik. Er war übrigens mit 14 Jahren der jüngste Chorleiter Bayerns, als er vor fünf Jahren den Unterwurmbacher Kirchenchor übernahm.

Die Kirche hatte im Mittelalter noch einen dominierenden Stellenwert in der Gesellschaft. Gunzenhausen war 1528 protestantisch geworden. Der Reformator Martin Luther krempelte die Kirche um und führte den Gemeindegesang ein, die „musica scientia“ hatte neben der Theologie größte Bedeutung. 1569, also noch vor dem Dreißigjährigen Krieg, war Johannes Lang der erste Kantor in Gunzenhausen. Er war somit Vorgesetzter der Türmer, des Organisten und des Lateinschulchors. Dem Türmer war es aufgetragen, bei „ansehenlichen Zusammenkünften“ zu muszieren. Und der „Stadtpfeifer“ musste viele Instrumente spielen. Dafür erhielt er ein „frei Losament“, eine freie Wohnung in der Lateinschule und zehn Gulden von der Stadt und der Heiligenstiftung.  Der letzte Türmer war übrigens Johann Georg Fürst. Er beendete die lange Tradition, die 1482 begann.

Leonard H. Klimpke beklagt, dass es aus dem 16. bis 18. Jahrhundert keine Notenbände mehr gibt. Unter ungeklärten Umständen ist beispielsweise das älteste Notenbuch von 1656 verloren gegangen.

Das erste „Orgelwerklein“ wurde 1655 in der Stadtkirche eingerichtet, aber erst 1682 „zur vollständigen Perfektion gebracht“. Nach den Aufzeichnungen kam 1686 ein neues Instrument von dem Oettinger Orgelbauer Lamprecht in die Kirche, 1706 schließlich die „Markgrafenorgel“. Von einer älteren Spitalkirchenorgel ist wenig bekannt.  Streichinstrumente gab es erst im 17. Jahrhundert (Feuergeigen und Violon-Bassgeigen). Die Trompeten erklangen nur an den höchsten Feiertagen. Nur dem Fürsten war es vorbehalten, darüber zu befinden. Die Archivalien besagen, dass der Nürnberger Kupferschmied Hans Kelsch zwei kupferne Hörpauken für einen anonymen Spender nach Gunzenhausen geliefert hat.

Die Reformation wirkte sich auf die Kirchenmusik in der Stadt befruchtend aus, der Autor schreibt von einem „blühenden musikalischen Leben“. Den Sonntagsgottesdienst begleitete stets ein Ensemble von etwa zehn Musikern.